Sesudah Singhasari mengusir Sriwijaya dari Jawa secara keseluruhan pada tahun 1290 , Singhasari menjadi kerajaan paling kuat di wilayah tersebut. Hal ini menjadi perhatian Kubilai Khan , penguasa Dinasti Yuan di Tiongkok .
Ia mengirim utusan yang bernama Meng Chi ke Singhasari yang menuntut upeti . Kertanagara , penguasa kerajaan Singhasari yang terakhir menolak untuk membayar upeti dan mempermalukan utusan tersebut dengan merusak wajahnya dan memotong telinganya.
Kublai Khan marah dan lalu memberangkatkan ekspedisi besar ke Jawa tahun 1293. Ketika itu,Jayakatwang,adipati Kediri , sudah membunuh Kertanagara. Atas saran Aria Wiraraja , Jayakatwang memberikan pengampunan kepada Raden Wijaya , menantu Kertanegara, yang datang menyerahkan diri.
Raden Wijaya kemudian diberi hutan Tarik . Ia membuka hutan itu dan membangun desa baru. Desa itu dinamai Majapahit , yang namanya diambil dari buah maja , dan rasa "pahit" dari buah tersebut. Ketika pasukan Mongol tiba, Wijaya bersekutu dengan pasukan Mongol untuk bertempur melawan Jayakatwang. Raden Wijaya berbalik menyerang sekutu Mongolnya sehingga memaksa mereka menarik pulang kembali pasukannya secara kalang-kabut karena mereka berada di teritori asing.
Saat itu juga merupakan kesempatan terakhir mereka untuk menangkap angin muson agar dapat pulang, atau mereka harus terpaksa menunggu enam bulan lagi di pulau yang asing. Tanggal pasti yang digunakan sebagai tanggal kelahiran kerajaan Majapahit adalah hari penobatan Raden Wijaya sebagai raja, yaitu pada tanggal 10 November 1293. Ia dinobatkan dengan nama resmi Kertarajasa Jayawardhana . Kerajaan ini menghadapi masalah. Beberapa orang terpercaya Kertarajasa, termasuk Ranggalawe , Sora , dan Nambi memberontak melawannya, meskipun pemberontakan tersebut tidak berhasil. Slamet Muljana menduga bahwa mahapatih Halayudha lah yang melakukan konspirasi untuk menjatuhkan semua orang terpercaya raja, agar ia dapat mencapai posisi tertinggi dalam pemerintahan.
Namun setelah kematian pemberontak terakhir ( Kuti ), Halayudha ditangkap dan dipenjara, dan lalu dihukum mati. Wijaya meninggal dunia pada tahun 1309. Anak dan penerus Wijaya, Jayanegara , adalah penguasa yang jahat dan amoral. Ia digelari Kala Gemet , yang berarti "penjahat lemah". Pada tahun 1328 , Jayanegara dibunuh oleh tabibnya, Tanca. Ibu tirinya yaitu Gayatri Rajapatni seharusnya menggantikannya, akan tetapi Rajapatni memilih mengundurkan diri dari istana dan menjadi pendeta wanita.
Rajapatni menunjuk anak perempuannya Tribhuwana Wijayatunggadewi untuk menjadi ratu Majapahit. Selama kekuasaan Tribhuwana, kerajaan Majapahit berkembang menjadi lebih besar dan terkenal di daerah tersebut. Tribhuwana menguasai Majapahit sampai kematian ibunya pada tahun 1350. Ia diteruskan oleh putranya, Hayam Wuruk . Kejayaan Majapahit Hayam Wuruk, juga disebut Rajasanagara, memerintah Majapahit dari tahun 1350 hingga 1389 . Pada masanya Majapahit mencapai puncak kejayaannya dengan bantuan mahapatihnya, Gajah Mada .
Di bawah perintah Gajah Mada ( 1313-1364) , Majapahit menguasai lebih banyak wilayah. Pada tahun 1377 , beberapa tahun setelah kematian Gajah Mada, Majapahit melancarkan serangan laut ke Palembang , menyebabkan runtuhnya sisa-sisa kerajaan Sriwijaya . Menurut Kakawin Nagarakretagama pupuh XIII- XV, daerah kekuasaan Majapahit meliputi Sumatra , semenanjung Malaya , Borneo , Sulawesi , kepulauan Nusa Tenggara , Maluku , Papua , dan sebagian kepulauan Filipina .
Namun demikian, batasan alam dan ekonomi menunjukkan bahwa daerah- daerah kekuasaan tersebut tampaknya tidaklah berada di bawah kekuasaan terpusat Majapahit, tetapi terhubungkan satu sama lain oleh perdagangan yang mungkin berupa monopoli oleh raja [14] . Majapahit juga memiliki hubungan dengan Campa , Kamboja , Siam , Birma bagian selatan, dan Vietnam , dan bahkan mengirim duta-dutanya ke Tiongkok .
Jatuhnya Majapahit Sesudah mencapai puncaknya pada abad ke-14 , kekuasaan Majapahit berangsur-angsur melemah. Tampaknya terjadi perang saudara ( Perang Paregreg ) pada tahun 1405-1406 , antara Wirabhumi melawan Wikramawardhana. Demikian pula telah terjadi pergantian raja yang dipertengkarkan pada tahun 1450- an, dan pemberontakan besar yang dilancarkan oleh seorang bangsawan pada tahun 1468 .
Dalam tradisi Jawa ada sebuah kronogram atau candrasengkala yang berbunyi sirna ilang kretaning bumi . Sengkala ini konon adalah tahun berakhirnya Majapahit dan harus dibaca sebagai 0041 , yaitu tahun 1400 Saka , atau 1478 Masehi . Arti sengkala ini adalah “sirna hilanglah kemakmuran bumi”. Namun demikian yang sebenarnya digambarkan oleh candrasengkala tersebut adalah gugurnya Bre Kertabumi , raja ke-11 Majapahit, oleh Girindrawardhana
